Microsoft Exchange Server 2016 Standard to wersja przeznaczona do obsługi skrzynek pocztowych w małych i średnich organizacjach. Odpowiednia również dla ról innych niż obsługa skrzynek pocztowych w większych wdrożeniach programu Exchange. Ta wersja obsługuje od 1 do 5 baz danych skrzynek pocztowych.

Microsoft Exchange Server 2016 wprowadza podział na dwie role serwera. Mailbox Server Role przechowuje bazy danych i akceptuje żądania klientów. Drugą z nich jest Edge Transport Server Role, która zapewnia ochronę przed wirusami i spamem.